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Variants Covid-19 : le variant anglais dominant en France d’ici 15 jours ?

16 Fév. 2021

SOMMAIRE :

  • Circulation du variant en France : combien de cas en France ?
  • Pourquoi observe-t-on ces mutations ?
  • Variant anglais : quels sont les symptômes ?
  • Mutation Covid-19 : le variant anglais (20I/501Y.V1)
  • Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (20H/501Y.V2)
  • Mutation Covid-19 : le variant brésilien (20J/501Y.V3)
  • Variants : que sait-on de la nouvelle mutation E484K ?

Le variant britannique serait actuellement responsable de 20 à 25% des infections au coronavirus en France. La proportion des variants sud-africain et brésilien serait de 4 à 5% dans le pays avec une répartition très hétérogène. Mais dans leurs dernier scénario publié dimanche, les chercheurs de l’Inserm prévoient que le variant anglais du covid-19 “pourrait devenir dominant en France la dernière semaine de février ou la première semaine de mars, avec de grandes disparités régionales”. En Ile-de-France notamment le variant anglais pourrait représenter la majorité des cas de covid dès la mi février.

Les chercheurs estiment toutefois qu’un possible ralentissement de la transmission du virus lié aux vacances scolaires, ajouté à des mesures de distanciation sociale plus contraignantes, ainsi que le renforcement du dispositif tracer-tester-isoler permettrait de gagner du temps supplémentaire avant cette résurgence des cas attendue.

Le point du 11 février d’Olivier Véran.Les trois variants anglais, brésilien et sud-africain nous inquiètent particulièrement. Nous savons qu’ils sont plus contagieux que le covid-19 classique”, a rappelé Olivier Véran jeudi 11 février à l’occasion du point hebdomadaire dédié à la crise sanitaire Covid-19. “Les prochaines semaines nous diront si les mesures actuelles suffisent (…) Nous espérons gagner suffisamment de temps pour éviter un confinement”, a-t-il ajouté, soulignant qu’il faut être prêts à agir évidemment, si la situation devait le nécessiter, afin de protéger la population dans un territoire qui a déjà payé un lourd tribut à la pandémie”.

La crainte des autorités, c’est qu’en plus d’être plus contagieux, ces variants pourraient altérer l’efficacité du vaccin. Selon Olivier Véran, “la diffusion des variants brésilien et sud-africain n’est pas encore inéluctable (…) La situation est fragile, incertaine mais sous contrôle”. La situation de la Moselle inquiète tout particulièrement. “Ces derniers jours nous avons identifié près de 300 cas assimilés aux variants brésilien et sud-africain. L’incidence générale est également plus élevée dans ce département que sur le reste du territoire”, a souligné le ministre.

“À ma connaissance pour l’instant cela ne s’accompagne pas d’une hausse du nombre d’hospitalisations, le meilleur paramètre pour suivre la maladie”, a toutefois rassuré ce vendredi le Pr Alain Fischer au micro de France Info.

Pour éviter la progression des variants, de nombreux séquençages génétiques sont effectués et de nombreux tests PCR multiplex utilisés.

Aussi, plusieurs mesures sont mises en place pour renforcer le tracing :

  • Tout test antigénique ou PCR positif doit désormais “obligatoirement” faire l’objet d’une RT-PCR de criblage de seconde intention, dans un délai de 36 heures au maximum, afin de déterminer s’il s’agit d’une contamination par un variant.
  • Les opérations de tracing et d’isolement sont déclenchées dès réception du résultat du test de première intention, sans attendre les résultats de la RT-PCR de criblage. La priorité demeure l’isolement sans délai des cas et l’alerte rapide des cas contacts.
  • Si le patient est porteur d’une forme variante, il est demandé à l’ensemble des contacts à risque identifiés de prévenir eux-mêmes les personnes avec qui elles ont été en contact à risque afin que ces dernières puissent renforcer l’application des mesures barrières, notamment le port du masque en présence d’autres personnes ; télétravailler dès lors que cela est possible ; réduire volontairement leurs contacts sociaux durant les 7 jours suivants ; réaliser un test sans délai dès les premiers symptômes.
  • Les personnes contacts à risque et les personnes suspectées ou confirmés d’avoir fait l’objet d’une contamination par une variante doivent faire l’objet d’un suivi renforcé : les visites à domicile par des infirmiers sont systématiquement proposées ; les personnes concernées dont la situation personnelle laisse présager un fort risque de propagation doivent se voir systématiquement proposer une offre spécifique d’hébergement.

En cas de contamination du patient par un variant sud-africain ou brésilien :

  • Le laboratoire informe le patient, qui doit s’isoler 10 jours et non 7 comme c’était le cas jusqu’à présent.
  • Ses cas contacts à risque, doivent être testés immédiatement. Si le résultat est positif, le test de criblage par une RT-PCR de seconde intention est réalisé immédiatement. En cas de test négatif, il faut respecter un isolement de 7 jours depuis le dernier contact à risque puis réaliser un test PCR à l’issue de ces 7 jours.
  • Pendant cette période d’isolement de 10 jours, des visites d’infirmiers libéraux sont proposées à leur domicile.
  • Un test de sortie d’isolement doit être systématiquement réalisé pour les personnes porteuses des formes mutées. En cas de test positif, l’isolement est alors renouvelé 7 jours de plus.
  • Le protocole est renforcé à l’école. Désormais, une classe est automatiquement fermée si un enfant est contaminé par le variant sud-africain ou le brésilien. Les élèves et les professeurs de la classe doivent alors tous être testés. 

Circulation du variant en France : combien de cas en France ?

>> Variant anglais : les 7 et  janvier derniers, le variant anglais était responsable de 3,3 % des nouvelles contaminations. Selon les résultats préliminaires d’une deuxième enquête “Flash” menée le 27 janvier, ce taux est passé à 14 %. Et comme sa présence augmente exponentiellement de 50% chaque semaine, il représente sans doute “20% à 25 % des tests positifs aujourd’hui“, soit 1 infection sur 4, a indiqué Olivier Véran jeudi 11 février lors du point presse hebdomadaire.

“Si on continue sur cette trajectoire, avec un R de 1,5 pour le variant anglais, on atteindra 30-35 % à la mi-février, et le nombre d’admissions à l’hôpital sera alors autour de 2 000 par jour, a commenté Arnaud Fontanet dans les colonnes du JDD du 7 février. Le variant deviendra majoritaire autour du 1er mars.”

“Avec les mesures mises en place depuis janvier, le virus que l’on connait recule de 6% chaque semaine, mais le nouveau variant, lui, progresse de 60% tous les sept jours”, a affirmé par ailleurs au Parisien, l’épidémiologiste Philippe Amouyel.

>> Variants brésiliens et sud-africains : alors que la métropole était jusque-là plutôt épargnée par les variants sud-africains et brésiliens, il semble qu’ils progressent désormais, a averti le ministre de la Santé. En effet, selon un criblage effectué sur 17 000 tests ces quatre derniers jours, la proportion de mutations sud-africaines et brésiliennes a augmenté de 4 à 5% à l’échelle du pays (cela doit toutefois être confirmé par séquençage). En outre, un département inquiète : la Moselle où 300 cas de ces mutations sont suspectés. “Cette circulation particulière interpelle, mais à ce stade les autorités sanitaires n’ont pas d’explication”, a précisé Olivier Véran, qui est aujourd’hui en Moselle.

Pourquoi observe-t-on ces mutations ?

Muter, c’est l’astuce des virus pour garder une longueur d’avance sur nos défenses immunitaires. Concrètement, lorsque nous produisons des anticorps pour nous défendre contre un virus, celui-ci cherche à se modifier pour échapper à la vigilance de nos anticorps et ainsi pour mieux contre-attaquer. En somme, notre propre système immunitaire pousse malgré lui le Covid-19 à s’adapter et à développer de nouvelles variantes pour survivre.

Concrètement, une fois entré dans une cellule, le virus se reproduit, et parfois il y a des erreurs de copies, donnant lieu à des mutations.

Ces mutations peuvent n’avoir “aucune conséquence”, confirme l’Inserm. D’autres en revanche “peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie.” Si les mutations favorisent la circulation du virus (on dit que ces mutations sont sélectionnées positivement), elles entraînent alors l’implantation du nouveau variant, qui peut en quelques mois seulement devenir le variant dominant. En d’autres termes, si la mutation permet au virus de mieux circuler, elle est favorisée et le variant devient dominant. C’est la sélection naturelle.

Variant anglais : quels sont les symptômes ?

Le variant anglais du coronavirus Sars-Cov-2 n’en finit pas de faire parler de lui. Et pour cause : sa contamination entrainerait des symptômes un peu différents. Selon une enquête publiée ce mercredi 27 janvier par l’Office national des statistiques britanniques, le variant anglais du coronavirus aurait tendance à exacerber les symptômes “traditionnels” du Covid-19.

Ainsi, entre fin novembre 2020 et mi-janvier 2021, les scientifiques britanniques ont comparé les symptômes de 2 groupes de malades du Covid-19 – l’un infecté par la souche d’origine, l’autre par le variant anglais.

Résultat : ils ont noté que 35 % des malades infectés par le variant anglais toussaient contre 28 % des malades infectés par Sars-Cov-2 ; 32 % des infectés par B117 étaient anormalement fatigués contre 29 % des patients atteints par la souche d’origine. Idem pour les maux de gorge (22 % contre 19 %), la fièvre (21 % contre 19 %) et les courbatures (avec, là encore, un écart significatif).

En revanche, la perte du goût (agueusie) et de l’odorat (anosmie) semblaient moins fréquentes avec le variant anglais du coronavirus. “Chez les patients atteints par le variant B117 (anglais), les symptômes classiques et bien connus de l’infection à coronavirus semblent plus souvent présents, à l’exception de l’anosmie et de l’agueusie”, concluent les chercheurs. En revanche, aucune différence au niveau des symptômes gastro-intestinaux n’a été reportée.

Que l’on se rassure : s’il est probablement plus symptomatique, le Covid-19 provoqué par l’infection au variant anglais n’est pas nécessairement plus sévère.

Mutation Covid-19 : le variant anglais (20I/501Y.V1)

Le variant anglais VOC 202012/01 semble être le principal facteur d’accélération de l’épidémie au Royaume-Uni, en Irlande et au Danemark.

Dans le monde, au 2 février 2021, le variant 20I/501Y.V1 a été rapporté dans 80 pays par l’OMS, soit dix de plus par rapport à la semaine précédente

Ce qui inquiète les autorités sanitaires, c’est que ce variant, détecté dès septembre au Royaume-Uni, est 50% plus contagieux selon l’European Centre for Disease Control (ECDC). De plus, selon une étude anglaise publiée fin décembre 2020 son taux de réinfection (comprendre : le risque de l’attraper à nouveau après une première infection) serait de 0,7 % contre 0,11 % avec la forme “classique”…

Qui dit plus de cas, dit plus d’hospitalisations. La crainte est donc une saturation des capacités hospitalières, comme celle qui est déjà observée en Angleterre.

Des modélisation présentées dans l’avis du Conseil scientifique du 12 janvier, indiquent, que sous l’hypothèse d’un taux de transmission du VOC entre 40%-70% plus élevé et d’un nombre stable de cas de contaminations (environs 20 000 par jour) dans les semaines qui viennent, on peut s’attendre à ce qu’il y ait “580 à 2 610 cas VOC par jour le 1er février et 2 800 à 26 390 le 1er mars”. Soit 2 à 12% de l’ensemble des cas détectés le 1er février et 12% à 64% le 1er mars.

Le variant anglais est-il plus dangereux ? Jusqu’à présent, les scientifiques étaient plutôt rassurant. Mais selon le Nervtag (groupe scientifique qui conseille le gouvernement anglais), l’analyse de données issues de différents hôpitaux montre que le variant pourrait augmenter de 30 % la pathogénicité, c’est-à-dire, le risque de forme grave et de décès.

“Cette fois, deux données se cumulent : il est plus transmissible mais aussi, comme le suggèrent les scientifiques anglais, plus dangereux. Voilà une double raison de s’inquiéter”, commente au au Parisien, Mylène Ogliastro, vice-présidente de la Société française de virologie et directrice de recherches à Montpellier.

En revanche, bonne nouvelle, le vaccin développé par Pfizer, ainsi que celui de Moderna, seraient efficace contre ce variant. “Les sérums post-vaccinaux avec les vaccins Pfizer et Moderna n’ont subi aucun changement significatif par rapport à la variante”, souligne l’OMS.

Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (20H/501Y.V2)

Officiellement, 40 cas du variant sud-africain 501Y.V2, détecté en décembre en Afrique du Sud le 18 décembre, ont été confirmés en France.

En Afrique du Sud, où il circule en fait depuis novembre, ce variant est responsable de la majorité des cas dans le pays. Dans le monde, au 2 février 2021, le variant 20H/501Y.V2 a été rapporté dans 41 pays selon l’OMS, soit dix pays de plus par rapport à la semaine précédente.

Plusieurs inconnues demeurent. Le variant “sud-africain” dénommé 501Y.V2 du fait d’une mutation N501Y sur la protéine S a émergé en Octobre en Afrique du Sud. Bien que cette mutation H501Y est aussi retrouvée sur le variant anglais, il s’agit de virus différents : “le virus 501Y.V2 possède une mutation additionnelle sur la protéine S (E484K) qui pourrait entrainer un échappement à la réponse immunitaire naturelle ou post-vaccinale”, souligne le Conseil scientifique dans son dernier avis, remis au gouvernement le 12 janvier. En outre, “ce virus mutant pourrait être retrouvé plus fréquemment chez les immunodéprimés”.

“Des travaux préliminaires suggèrent la possibilité d’une transmissibilité plus élevée, mais aucun élément n’indique à ce jour qu’il serait à l’origine de formes plus sévères chez les personnes infectées”, précise par ailleurs Santé Publique France.

Bonne nouvelle toutefois ce 25 janvier, les laboratoires Moderna annoncent le vaccin “conserve une activité neutralisante contre les variants émergents identifiés pour la première fois au Royaume-Uni et en République d’Afrique du Sud.”

Mutation Covid-19 : le variant brésilien (20J/501Y.V3)

Le variant brésilien est désormais présent dans dix pays et territoires au 2 février, soit dans deux pays de plus qu’au 27 janvier.

Au Brésil, le nombre de nouveaux cas hebdomadaires a fortement augmenté ces dernières semaines, de même que les décès. Des enquêtes préliminaires menées à Manaus, capitale de l’État brésilien d’Amazonas, ont montré “une hausse de la proportion de cas séquencés du variant”.

Le 12 janvier 2021, une étude décrit l’émergence du variant 20J/501Y.V3 dans la région de Manaus (Brésil), où il était alors présent dans 42% des PCR positives. Ce variant aurait émergé fin juillet 2020 et a été détecté pour la première fois à Rio de Janeiro fin octobre 2020. Les études préliminaires menées à Manaus ont signalé une augmentation de la proportion des cas identifiés de 52,2% en décembre 2020 à 85,4% en janvier 2021. “Cette hausse, ainsi que les mutations identifiées sur ce variant, soulèvent des préoccupations quant à la potentielle augmentation de la transmissibilité ou de la propension à la réinfection”, souligne Santé Publique France.

Ce que craignent les scientifiques c’est que ce variant pourrait entrainer des réinfections du fait qu’il a la capacité de contourner notre immunité. Autrement dit, nos anticorps ne seraient pas suffisamment efficaces. Conséquence aussi : ce variant serait moins sensible au vaccin.

Variants : que sait-on de la nouvelle mutation E484K ?

Alors que trois variants sont aujourd’hui scrutés par les autorités sanitaires, l’agence anglaise de santé publique, Public Health England (PHE), a révélé lundi 1er février avoir observé la mutation E484K sur le variant anglais du coronavirus, le rendant potentiellement plus résistant aux vaccins. Le PHE s’appuie sur une étude préliminaire de l’université de Cambridge. Cette mutation signifie que l’acide aminé “E” qui correspond à l’emplacement “484” du gène, a muté en acide aminé “K”. Elle est par ailleurs aussi présente sur les variants sud-africain et brésilien.

Que sait-on de la mutation E484K ? “C’est une mutation qui concerne la protéine Spike à la surface du virus, qui s’attache aux cellules humaines”, a expliqué à franceinfo le docteur Paul Loubet, infectiologue au CHU de Nîmes. Il confirme que ces mutations sont habituelles et liées à des “phénomènes d’adaptation”.

Selon le virologue Julian Tang de l’université de Leicester (Royaume-Uni), cette détection de la mutation E484K sur le variant anglais du virus peut aussi être “due à une recombinaison avec l’un des variants sud-africain ou brésilien, qui peuvent avoir co-infecté la même cellule”, “comme nous le voyons avec différents virus de la grippe”. Toutefois, ce scénario “est plus rare avec les coronavirus”, explique le chercheur à Science Media Centre. “Il est donc plus probable que cela soit dû à des sélections et évolutions naturelles parallèles et convergentes au sein de la population humaine, au fur et à mesure que le virus s’adapte à ce nouvel hôte”.

La question cruciale est de savoir si oui ou non cette mutation remet en cause l’efficacité des vaccins actuellement utilisés ? Visiblement, la mutation présente sur la protéine Spike, empêcherait à nos anticorps de s’y fixer pour neutraliser le virus et pour l’empêcher d’entrer dans nos cellules. Les chercheurs de l’université de Cambridge ont en effet observé que des niveaux plus élevés d’anticorps étaient nécessaires pour neutraliser le virus. Mais cela ne permet pas de conclure que les vaccins sont moins efficaces. Il est trop tôt pour répondre à cette question.

EN VIDEO : Reportage dans un laboratoire et explication du Dr Caroline Gutsmuth, médecin biologiste

Sources :

  • Ministère de la Santé 
  • Inserm, Un variant du SARS-CoV-2 inquiétant, vraiment ? (janvier 2021)

À lire aussi :

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Source: https://www.topsante.com/feed/list/rss/(limit)/30 – Topsante.com

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