Variants Covid-19 : le variant anglais devient majoritaire en France

• Circulation du variant en France : combien de cas en France ?
• Pourquoi observe-t-on ces mutations ?
• Variant anglais : quels sont les symptômes ?
• Quelles mesures sanitaires pour limiter la progression des variants ?
• Mutation Covid-19 : le variant anglais (20I/501Y.V1)
• Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (20H/501Y.V2)
• Mutation Covid-19 : le variant brésilien (20J/501Y.V3)
• Variants : que sait-on de la nouvelle mutation E484K ?

Circulation du variant en France : combien de cas en France ?

Au 25 février, à l'occasion d'un point presse, Olivier Véran a fait un point sur la progression des variants sur le territoire : "Plus d’un cas sur 2 de contamination est lié au variant anglais", a-t-il indiqué. Une semaine plus tôt, 36% des cas positifs criblés correspondaient à des variants dits 'britanniques, suggérant une progression rapide sur le territoire.

Dans son dernier bulletin épidémiologique, Santé Publique France, précise que :

• la part du variant anglais est de 49%
• celle des variants brésilien et sud-africain est de 6% 

Ces variants ont été détectés "dans toutes les régions métropolitaines, avec de fortes disparités départementales". Parmi les 95 départements métropolitains, 70 affichaient une proportion supérieure à 30% de suspicions de variant anglais, dont 33 avec une proportion supérieure à 50%. Cette proportion était comprise entre 10% et 30% pour les 25 départements restants.

De plus, 11 départements comptaient une proportion supérieure à 10% de suspicions de variant brésilien ou sud-africain. "Cette proportion était particulièrement élevée en Moselle (53,7%), Meurthe-et-Moselle (26,7%) et dans la Meuse (21,6%)", précise Santé Publique France. Le lien éventuel entre la distribution géographique et la dynamique de l’épidémie n’est toutefois pas actuellement identifié pour ces variants, selon SPF.

Par ailleurs, les plus fortes proportions de variants sont retrouvées chez les 0-19 ans.

Alors que les taux d’incidence et de positivité sont à nouveau en hausse après deux semaines de diminution, "les variants, plus transmissibles, continuent de progresser à un rythme soutenu et deviennent prédominants", souligne encore Santé Publique France.

Rappelons que la période d’isolement pour les cas positifs est passée de 7 jours à 10 jours, depuis le 22 février. En effet, "certaines études scientifiques évoquent la possibilité que les variants seraient responsables d’une durée de contagiosité plus longue que le Covid-19 classique", avait justifié le ministre de la Santé.

Pourquoi observe-t-on ces mutations ?

Muter, c'est l'astuce des virus pour garder une longueur d’avance sur nos défenses immunitaires. Concrètement, lorsque nous produisons des anticorps pour nous défendre contre un virus, celui-ci cherche à se modifier pour échapper à la vigilance de nos anticorps et ainsi pour mieux contre-attaquer. En somme, notre propre système immunitaire pousse malgré lui le Covid-19 à s'adapter et à développer de nouvelles variantes pour survivre.

Concrètement, une fois entré dans une cellule, le virus se reproduit, et parfois il y a des erreurs de copies, donnant lieu à des mutations.

Ces mutations peuvent n’avoir "aucune conséquence", confirme l'Inserm. D’autres en revanche "peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie." Si les mutations favorisent la circulation du virus (on dit que ces mutations sont sélectionnées positivement), elles entraînent alors l’implantation du nouveau variant, qui peut en quelques mois seulement devenir le variant dominant. En d'autres termes, si la mutation permet au virus de mieux circuler, elle est favorisée et le variant devient dominant. C'est la sélection naturelle.

Variant anglais : quels sont les symptômes ?

Le variant anglais du coronavirus Sars-Cov-2 n'en finit pas de faire parler de lui. Et pour cause : sa contamination entrainerait des symptômes un peu différents. Selon une enquête publiée ce mercredi 27 janvier par l'Office national des statistiques britanniques, le variant anglais du coronavirus aurait tendance à exacerber les symptômes "traditionnels" du Covid-19.

Ainsi, entre fin novembre 2020 et mi-janvier 2021, les scientifiques britanniques ont comparé les symptômes de 2 groupes de malades du Covid-19 - l'un infecté par la souche d'origine, l'autre par le variant anglais.

Résultat : ils ont noté que 35 % des malades infectés par le variant anglais toussaient contre 28 % des malades infectés par Sars-Cov-2 ; 32 % des infectés par B117 étaient anormalement fatigués contre 29 % des patients atteints par la souche d'origine. Idem pour les maux de gorge (22 % contre 19 %), la fièvre (21 % contre 19 %) et les courbatures (avec, là encore, un écart significatif).

En revanche, la perte du goût (agueusie) et de l'odorat (anosmie) semblaient moins fréquentes avec le variant anglais du coronavirus. "Chez les patients atteints par le variant B117 (anglais), les symptômes classiques et bien connus de l'infection à coronavirus semblent plus souvent présents, à l'exception de l'anosmie et de l'agueusie", concluent les chercheurs. En revanche, aucune différence au niveau des symptômes gastro-intestinaux n'a été reportée.

Que l'on se rassure : s'il est probablement plus symptomatique, le Covid-19 provoqué par l'infection au variant anglais n'est pas nécessairement plus sévère.

Quelles mesures sanitaires pour limiter la progression des variants ?

Plusieurs mesures sont mises en place pour renforcer le tracing des formes mutées du SARS-CoV-2 :

• Tout test antigénique ou PCR positif doit désormais "obligatoirement" faire l’objet d'une RT-PCR de criblage de seconde intention, dans un délai de 36 heures au maximum, afin de déterminer s’il s’agit d’une contamination par un variant.
• Tout test positif donne lieu à un isolement de 10 jours, sans attendre de savoir s'il s'agit d'un variant (pour les cas contact, la période d'isolement est maintenue à 7 jours).
• Les opérations de tracing et d’isolement sont déclenchées dès réception du résultat du test de première intention, sans attendre les résultats de la RT-PCR de criblage. La priorité demeure l’isolement sans délai des cas et l’alerte rapide des cas contacts.
• Si le patient est porteur d’une forme variante, il est demandé à l’ensemble des contacts à risque identifiés de prévenir eux-mêmes les personnes avec qui elles ont été en contact à risque afin que ces dernières puissent renforcer l’application des mesures barrières, notamment le port du masque en présence d’autres personnes ; télétravailler dès lors que cela est possible ; réduire volontairement leurs contacts sociaux durant les 7 jours suivants ; réaliser un test sans délai dès les premiers symptômes.
• Les personnes contacts à risque et les personnes suspectées ou confirmés d’avoir fait l’objet d’une contamination par une variante doivent faire l’objet d’un suivi renforcé : les visites à domicile par des infirmiers sont systématiquement proposées ; les personnes concernées dont la situation personnelle laisse présager un fort risque de propagation doivent se voir systématiquement proposer une offre spécifique d’hébergement.

En cas de contamination du patient par un variant sud-africain ou brésilien :

• Le patient est isolé 10 jours. Pendant cette période, des visites d'infirmiers libéraux sont proposées à leur domicile.
• Les cas contacts à risque, doivent être testés immédiatement. Si le résultat est positif, le test de criblage par une RT-PCR de seconde intention est réalisé immédiatement. En cas de test négatif, il faut respecter un isolement de 7 jours depuis le dernier contact à risque puis réaliser un test PCR à l’issue de ces 7 jours.
• Un test de sortie d’isolement doit être systématiquement réalisé pour les personnes porteuses des formes mutées. En cas de test positif, l’isolement est alors renouvelé 7 jours de plus.

Le dispositif permettant d’obtenir un arrêt de travail immédiat sans jour de carence en contactant l’Assurance-maladie, pour les personnes positives, cas contact ou symptomatique est prolongé jusqu’au 1^er juin.

Par ailleurs, le protocole est renforcé à l’école. Désormais, une classe est automatiquement fermée si un enfant est contaminé par le variant sud-africain ou le brésilien. Les élèves et les professeurs de la classe doivent alors tous être testés.

Mutation Covid-19 : le variant anglais (20I/501Y.V1)

Dans le monde, au 23 février 2021, le variant 20I/501Y.V1 a été rapporté dans 101 pays par l’OMS.

Ce qui inquiète les autorités sanitaires, c'est que ce variant, détecté dès septembre au Royaume-Uni, est 50% plus contagieux selon l'European Centre for Disease Control (ECDC). De plus, selon une étude anglaise publiée fin décembre 2020 son taux de réinfection (comprendre : le risque de l'attraper à nouveau après une première infection) serait de 0,7 % contre 0,11 % avec la forme "classique"...

Qui dit plus de cas, dit plus d'hospitalisations. La crainte est donc une saturation des capacités hospitalières, comme celle qui a été observée en Angleterre en janvier.

"Les pays les plus touchés n’ont pu arrêter le variant anglais qu’avec un confinement strict", souligne le Conseil scientifique dans une note du 29 janvier : Royaume-Uni (confinement strict national le 4 janvier), Irlande (confinement strict national le 30 décembre), et Portugal (confinement strict national débuté le 15 janvier et complété par la fermeture des écoles le 21 janvier).

"La plupart des autres pays européens ont un niveau du variant UK autour de 30%, en train de devenir majoritaire avec la même cinétique que ce qui a été observé a posteriori pour le même variant en Angleterre, précise par ailleurs le Conseil scientifique dans son avis du 12 février. Dans la majorité des pays européens, il existe une hétérogénéité régionale qui reste inexpliquée. On peut donc considérer que le variant UK sera le virus majoritaire dès mars 2021 en Europe de l’ouest."

Le variant anglais est-il plus dangereux ? Jusqu'à présent, les scientifiques étaient plutôt rassurant. Mais selon le Nervtag (groupe scientifique qui conseille le gouvernement anglais), l'analyse de données issues de différents hôpitaux montre que le variant pourrait augmenter de 30 % la pathogénicité, c'est-à-dire, le risque de forme grave et de décès.

En revanche, bonne nouvelle, le vaccin développé par Pfizer, ainsi que celui de Moderna, seraient efficace contre ce variant. "Les sérums post-vaccinaux avec les vaccins Pfizer et Moderna n’ont subi aucun changement significatif par rapport à la variante", souligne l’OMS.

Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (20H/501Y.V2)

Dans le monde, au 23 février 2021, le variant 20H/501Y.V2 a été rapporté dans 51 pays selon l’OMS.

En France, comme dans les autres pays européens, le variant sud-africain est resté jusqu’ici très minoritaire : entre 2 et 3% au niveau national en France. La situation est évidemment très différente à Mayotte où ce variant est devenu majoritaire.

Plusieurs inconnues demeurent. Le variant "sud-africain" dénommé 501Y.V2 du fait d’une mutation N501Y sur la protéine S a émergé en Octobre en Afrique du Sud. Bien que cette mutation H501Y est aussi retrouvée sur le variant anglais, il s’agit de virus différents : "le virus 501Y.V2 possède une mutation additionnelle sur la protéine S (E484K) qui pourrait entrainer un échappement à la réponse immunitaire naturelle ou post-vaccinale", souligne le Conseil scientifique dans son dernier avis, remis au gouvernement le 12 janvier.

Cette mutation plaide en faveur d’une plus grande transmissibilité. De plus, les données avec les vaccins Pfizer et Moderna montrent une diminution de l’ordre de 30 à 40% de l’efficacité vaccinale sur le variant sud-africain.

Le variant sud-africain est moins sensible aux vaccins, aux anticorps de sujets déjà infectés, aux anticorps monoclonaux. En effet, de très nombreuses 2ème infection par le variant ont été observées en Afrique du Sud au cours de ces derniers mois chez des patients ayant déjà fait un Covid. "Cette moindre sensibilité est en soi un problème, de plus elle pourrait favoriser l’apparition de mutants résistants à l’intérieur de la population virale SA", souligne le Conseil scientifique (avis du 12 février).

Bonne nouvelle toutefois ce 25 janvier, les laboratoires Moderna annoncent que le vaccin "conserve une activité neutralisante contre les variants émergents identifiés pour la première fois au Royaume-Uni et en République d'Afrique du Sud."

Mutation Covid-19 : le variant brésilien (20J/501Y.V3)

Dans le monde, au 23 février 2021, le variant 20J/501Y.V3 a été rapporté dans 28 pays selon l'OMS.

En France, les données de séquençage montrent que la présence du variant 20J/501Y.V3 (brésilien) reste très minoritaire à l’heure actuelle, indique Santé Publique France (bulletin épidémiologique au 25 février).

Ce variant aurait émergé courant décembre 2020 à Manaus (Brésil). La situation épidémiologique dans les pays où sa circulation est active et des travaux préliminaires suggèrent une transmissibilité accrue de ce variant sans que toutefois cette hypothèse ait été démontrée. À ce jour, aucune donnée ne permet de déterminer si ce variant est associé à une létalité plus élevée, mais des études sur le sujet sont en cours. De même, l’impact de la vaccination sur ce variant est en cours d’étude. Des études préliminaires de laboratoire suggèrent que l’effet de la vaccination est potentiellement réduit pour ce variant. De plus, il a été observé au Brésil qu’un petit nombre de personnes ayant déjà été infectées par une souche de SARS-CoV-2 autre que variante ont été réinfectées par le variant 20H/501Y.V2.

Ce que craignent les scientifiques c'est que ce variant pourrait entrainer des réinfections du fait qu'il a la capacité de contourner notre immunité. Autrement dit, nos anticorps ne seraient pas suffisamment efficaces. Conséquence aussi : ce variant serait moins sensible au vaccin.

Variants : que sait-on de la nouvelle mutation E484K ?

Alors que trois variants sont aujourd'hui scrutés par les autorités sanitaires, l'agence anglaise de santé publique, Public Health England (PHE), a révélé lundi 1er février avoir observé la mutation E484K sur le variant anglais du coronavirus, le rendant potentiellement plus résistant aux vaccins. Le PHE s'appuie sur une étude préliminaire de l'université de Cambridge. Cette mutation signifie que l'acide aminé "E" qui correspond à l'emplacement "484" du gène, a muté en acide aminé "K". Elle est par ailleurs aussi présente sur les variants sud-africain et brésilien.

Que sait-on de la mutation E484K ? "C'est une mutation qui concerne la protéine Spike à la surface du virus, qui s'attache aux cellules humaines", a expliqué à franceinfo le docteur Paul Loubet, infectiologue au CHU de Nîmes. Il confirme que ces mutations sont habituelles et liées à des "phénomènes d'adaptation".

Selon le virologue Julian Tang de l'université de Leicester (Royaume-Uni), cette détection de la mutation E484K sur le variant anglais du virus peut aussi être "due à une recombinaison avec l'un des variants sud-africain ou brésilien, qui peuvent avoir co-infecté la même cellule", "comme nous le voyons avec différents virus de la grippe". Toutefois, ce scénario "est plus rare avec les coronavirus", explique le chercheur à Science Media Centre. "Il est donc plus probable que cela soit dû à des sélections et évolutions naturelles parallèles et convergentes au sein de la population humaine, au fur et à mesure que le virus s'adapte à ce nouvel hôte".

La question cruciale est de savoir si oui ou non cette mutation remet en cause l'efficacité des vaccins actuellement utilisés ? Visiblement, la mutation présente sur la protéine Spike, empêcherait à nos anticorps de s'y fixer pour neutraliser le virus et pour l'empêcher d'entrer dans nos cellules. Les chercheurs de l'université de Cambridge ont en effet observé que des niveaux plus élevés d'anticorps étaient nécessaires pour neutraliser le virus. Mais cela ne permet pas de conclure que les vaccins sont moins efficaces. Il est trop tôt pour répondre à cette question.

EN VIDEO : Reportage dans un laboratoire et explication du Dr Caroline Gutsmuth, médecin biologiste

Sources :

• Ministère de la Santé 
• Inserm, Un variant du SARS-CoV-2 inquiétant, vraiment ? (janvier 2021)
• Santé Publique France, bulletin épidémiologique hebdomadaire
• Conseil scientifique, avis 12 février et note d'éclairage 29 janvier

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