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Variant Covid-19 anglais, brésilien, sud-africain : chiffres, symptômes, contagion…

26 Avr. 2021

SOMMAIRE :

  • Circulation du variant en France : combien de cas en France ?
  • Quel vaccin est efficace contre le variant anglais ?
  • Pourquoi observe-t-on ces mutations ?
  • Variant anglais : quels sont les symptômes ?
  • Mutation Covid-19 : le variant anglais (20I/501Y.V1)
  • Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (20H/501Y.V2)
  • Mutation Covid-19 : le variant brésilien (20J/501Y.V3)
  • Variants : que sait-on de la nouvelle mutation E484K ?
  • Quelles mesures sanitaires pour limiter la progression des variants ?

Circulation du variant en France : combien de cas en France ?

La proportion du variant anglais progressant chaque semaine, il est désormais largement majoritaire selon le bulletin épidémiologique de Santé Publique France (22 avril):

  • proportion de suspicions de variant anglais : 82,3%
  • proportion de suspicions des variants sud-africains et brésiliens : 4,2% (en légère hausse)

De fortes disparités départementales sont toujours constatées. Parmi les départements métropolitains, la proportion du variant 20I/501Y.V1 était supérieure à 80% dans 67 départements et supérieure à 90% dans 23 d’entre eux. En outre, 4 départements ont toujours une proportion de suspicions de variant sud-africain ou brésilien supérieure à 10%. Cette proportion est toujours particulièrement élevée en Creuse (30,5%), en Haute-Saône (17%), en Moselle (18%) et dans les Vosges (10%). Dans les territoires d’outre-mer, une forte proportion de suspicions de variant brésilien ou sud-africaine était observée en Guyane (80,3%) et à La Réunion (57,3%). On note toujours une forte proportion de suspicions de variant 20I/501Y.V1 en Martinique (98,7%) et en Guadeloupe (95,9%).

À ce jour, quatre variants ont été qualifiés de préoccupants (VOC) en raison de leur transmissibilité augmentée et du risque d’échappement à la réponse immunitaire. Trois d’entre eux, les variants anglais, sud-africain et brésilien circulent en France depuis le début de l’année 2021, tandis que le quatrième (B.1.1.7 + E484K), ayant émergé au Royaume-Uni début 2021 a été peu détecté en France jusqu’ici.

Que sait-on de ces trois variants ? Ils présentent des modifications qui sont réparties sur le génome viral, mais dont les modifications les plus importantes sont sur la protéine S (ou Spike) qui est la cible principale de la réponse immunitaire.

  • Les 3 variants présentent tous une mutation en position 501 (N501Y) qui entraine une augmentation de la transmissibilité (+30 à +60%), en particulier pour les variants anglais et brésilien P1.
  • Seuls les variants sud-africain et brésilien présentent en plus la mutation en position 484 (E484K) qui entraine un échappement immunitaire significatif, notamment lorsqu’elle est associée à d’autres modifications de la protéine S.

D’autres variants sont qualifiés de variants à suivre (VOI). Certains ont déjà été détectés sur le territoire et bénéficient à ce titre d’une surveillance renforcée : il s’agit notamment du variant breton (“variant 20C/H655Y”), détecté dans un hôpital des Côtes d’Armor. Au 21 avril, 37 cas d’infection par le variant 20C/655Y ont été confirmés (34 en Bretagne, trois dans d’autres régions). La majorité des cas était reliée à des transmissions au sein de clusters hospitaliers dans la zone. Lire aussi : ce que l’on sait sur le variant breton.

Le variant 20A/484Q (lignage B.1.617), qui aurait émergé en Inde, est également classé comme VOI. Il a été détecté chez deux voyageurs en provenance d’Inde et en transit par la Guadeloupe, mais aucun cas autochtone n’a été identifié en France à ce jour. Lire aussi : ce que l’on sait sur le variant indien.

Rappelons que la période d’isolement pour les cas positifs est passée de 7 jours à 10 jours, depuis le 22 février, en raison d’une possible durée de contagiosité plus longue avec les variants, avait justifié le ministre de la Santé.

Quel vaccin est efficace contre le variant anglais ?

L’arrivée de variants de ce virus – plus contagieux ou plus létaux selon les cas – a conduit les autorités à mettre en place, dès le début du mois de mars, des adaptations locales de cette stratégie, dans un nombre limité de départements. Notamment en Moselle où la proportion des variants sud-africain et brésilien atteint 30% et en Guyane, à la Réunion et à Mayotte où ils représentent entre 40 et 48% des cas. Dans ce contexte, la Haute autorité de santé (HAS) a étudié l’efficacité des différents vaccins contre les variants identifiés sur le territoire français, afin d’évaluer, pour le mois d’avril, la nécessité d’une adaptation de la stratégie vaccinale.

Sa conclusion ? Le vaccin anti Covid-19 d’AstraZeneca ne doit pas être utilisé en Moselle, en Guyane, à Mayotte et à La Réunion car il est trop peu efficace contre le variant sud-africain, qui y circule beaucoup.

  • Les données de la littérature des quatre vaccins disponibles, à savoir Comirnaty® de Pfizer/BioNTech, ARNm-1273® de Moderna, AstraZeneca rebaptisé Vaxzevria et Janssen, suggèrent qu’ils restent actifs contre le variant anglais. Pour la HAS, la stratégie vaccinale en vigueur reste par conséquent pertinente.
  • En Outre-Mer (Guyane, Mayotte et La Réunion) où le variant sud-africain représente près de la moitié des cas et où la fourniture d’un seul type de vaccins est favorisée par les contraintes logistiques, la HAS recommande la poursuite de la stratégie déjà mise en place avec l’utilisation exclusive des vaccins à ARNm.
  • En Moselle, dans un contexte où le variant sud-africain est significativement présent, la HAS recommande, à ce stade, de continuer à privilégier l’accès aux vaccins pour lesquels on dispose de données en faveur du maintien d’un niveau élevé d’efficacité contre le variant sud-africain. Il s’agit des vaccins à ARN messager d’une part (Pfizer et Moderna) et du vaccin Janssen, d’autre part, dès lors qu’il sera disponible. Les données d’efficacité du vaccin AstraZeneka sur le variant sud-africain étant moins satisfaisantes dans la vie réelle, il n’est pas recommandé par la HAS en Moselle.

Pourquoi observe-t-on ces mutations ?

Muter, c’est l’astuce des virus pour garder une longueur d’avance sur nos défenses immunitaires. Concrètement, lorsque nous produisons des anticorps pour nous défendre contre un virus, celui-ci cherche à se modifier pour échapper à la vigilance de nos anticorps et ainsi pour mieux contre-attaquer. En somme, notre propre système immunitaire pousse malgré lui le Covid-19 à s’adapter et à développer de nouvelles variantes pour survivre.

Concrètement, une fois entré dans une cellule, le virus se reproduit, et parfois il y a des erreurs de copies, donnant lieu à des mutations.

Ces mutations peuvent n’avoir “aucune conséquence”, confirme l’Inserm. D’autres en revanche “peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie.” Si les mutations favorisent la circulation du virus (on dit que ces mutations sont sélectionnées positivement), elles entraînent alors l’implantation du nouveau variant, qui peut en quelques mois seulement devenir le variant dominant. En d’autres termes, si la mutation permet au virus de mieux circuler, elle est favorisée et le variant devient dominant. C’est la sélection naturelle.

“Le virus développe des stratégies évolutives permettant de restaurer un potentiel de diffusion. Cette évolution cible notamment la protéine Spike, car elle a un rôle majeur pour l’infectivité des virus en augmentant sa capacité de transmission (induit par la mutation 501 notamment) ou en modifiant les caractéristiques antigéniques de la protéine S (la protéine ciblée par les anticorps neutralisants) en développant des variants d’échappement”, commente le Conseil scientifique (avis du 16 avril 2021).

Les variants du Covid développent tous la même stratégie évolutive. Cela peut signifier deux choses, selon le Conseil scientifique. Première hypothèse : cette évolution ne peut survenir que dans un nombre restreint de positions sur la protéine S, ce qui signifierait que ce virus risque d’épuiser rapidement l’ensemble des possibilités évolutives, ce qui conduira à terme à un cul-de-sac évolutif, et donc une stabilisation rapide du virus. Deuxième hypothèse “moins vraisemblable” : cette évolution présage d’une capacité évolutive sur le plus long terme, avec des nœuds évolutifs, qui pourrait entrainer des modifications en permanence, comme observée pour les virus de la grippe.

Variant anglais : quels sont les symptômes ?

Selon une enquête publiée ce mercredi 27 janvier par l’Office national des statistiques britanniques, le variant anglais du coronavirus aurait tendance à exacerber les symptômes “traditionnels” du Covid-19.

Ainsi, entre fin novembre 2020 et mi-janvier 2021, les scientifiques britanniques ont comparé les symptômes de 2 groupes de malades du Covid-19 – l’un infecté par la souche d’origine, l’autre par le variant anglais.

Résultat : ils ont noté que 35 % des malades infectés par le variant anglais toussaient contre 28 % des malades infectés par Sars-Cov-2 ; 32 % des infectés par B117 étaient anormalement fatigués contre 29 % des patients atteints par la souche d’origine. Idem pour les maux de gorge (22 % contre 19 %), la fièvre (21 % contre 19 %) et les courbatures (avec, là encore, un écart significatif).

En revanche, la perte du goût (agueusie) et de l’odorat (anosmie) semblaient moins fréquentes avec le variant anglais du coronavirus. “Chez les patients atteints par le variant B117 (anglais), les symptômes classiques et bien connus de l’infection à coronavirus semblent plus souvent présents, à l’exception de l’anosmie et de l’agueusie”, concluent les chercheurs. En revanche, aucune différence au niveau des symptômes gastro-intestinaux n’a été reportée.

Mutation Covid-19 : le variant anglais (20I/501Y.V1)

Dans le monde, au 13 avril 2021, le variant 20I/501Y.V1 a été rapporté dans 132 pays par l’OMS.

Le variant anglais est devenu majoritaire en France et a quasiment remplacé le variant classique d’origine. Pour l’heure, il semble ne pas laisser de place aux variants sud-africains et brésiliens. Ce variant est associé à “une transmissibilité accrue (de 43 à 90%) et possiblement à une forme plus sévère de la maladie, à un plus haut risque d’hospitalisation et à une mortalité plus élevée”, indique Santé Publique France ce 15 avril.

Les pays les plus touchés n’ont pu arrêter le variant anglais qu’avec un confinement strict”, souligne le Conseil scientifique dans une note du 29 janvier : Royaume-Uni (confinement strict national le 4 janvier), Irlande (confinement strict national le 30 décembre), et Portugal (confinement strict national débuté le 15 janvier et complété par la fermeture des écoles le 21 janvier).

Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (20H/501Y.V2)

Dans le monde, au 13 avril 2021, le variant 20H/501Y.V2 a été rapporté dans 82 pays selon l’OMS.

En France, comme dans les autres pays européens, le variant sud-africain est resté jusqu’ici très minoritaire.

Des études préliminaires suggèrent que ce variant est associé à une transmissibilité plus élevée de 50% et un risque plus élevé d’échappement immunitaire et de réinfection (comprendre : le risque de l’attraper à nouveau après une première infection). Certaines recherches indiquent un risque accru de décès à l’hôpital, indique Santé Publique France.

Pour résumer, le variant sud-africain serait donc moins sensible aux vaccins, aux anticorps de sujets déjà infectés, aux anticorps monoclonaux. En effet, de très nombreuses 2ème infection par le variant ont été observées en Afrique du Sud au cours de ces derniers mois chez des patients ayant déjà fait un Covid. “Cette moindre sensibilité est en soi un problème, de plus elle pourrait favoriser l’apparition de mutants résistants à l’intérieur de la population virale SA“, souligne le Conseil scientifique (avis du 12 février).

Mutation Covid-19 : le variant brésilien (20J/501Y.V3)

Dans le monde, au 13 avril 2021, le variant 20J/501Y.V3 a été rapporté dans 52 pays selon l’OMS.

En France, les données de séquençage montrent que la présence du variant 20J/501Y.V3 (brésilien) reste très minoritaire à l’heure actuelle.

Au Brésil, la proportion du variant 20J/501Y.V3 est passée de 28 % des spécimens collectés en janvier 2021 à 73 % en mars 2021, d’après les données générées par le réseau génomique Fiocruz et GISAID. La proportion du variant était plus élevée dans les régions du sud-est et du nord du pays, qui comprennent l’État d’Amazonas.

“Plusieurs études montrent une transmissibilité plus importante par rapport aux souches autres que variantes. De plus, ce variant aurait la capacité d’échapper à la réponse immunitaire induite par un premier contact avec des souches d’origine, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection”, analyse Santé Publique France dans son bulletin du 15 avril.

Conséquence aussi : ce variant serait moins sensible au vaccin. Certains travaux conduits en laboratoire suggèrent en effet que l’efficacité de la vaccination pourrait être atténuée pour ce variant, tandis qu’une récente communication scientifique publiée dans le New England Journal of Medicine montre que le vaccin Pfizer/BioNTech aurait un effet neutralisant.

Variants : que sait-on de la nouvelle mutation E484K ?

Un quatrième variant est qualifié de variant préoccupant (VOC) en raison de sa transmissibilité augmentée et du risque d’échappement à la réponse immunitaire. Ce variant porteur d’une mutation E484 a émergé au Royaume-Uni et a été détecté de manière sporadique en France.

16 cas d’infection par ce variant ont été détectés par séquençage en France : 6 cas en Île-de-France, 4 cas en Bretagne, 3 cas dans les Hauts-de-France, 1 cas en Provence-Alpes-Côte d’Azur, 1 cas dans les Pays de la Loire et 1 cas en Centre-Val de Loire, indique Santé Publique France dans son bulletin du 22 avril.

Cette mutation signifie que l’acide aminé “E” qui correspond à l’emplacement “484” du gène, a muté en acide aminé “K”. Elle est par ailleurs aussi présente sur les variants sud-africain et brésilien.

L’agence anglaise de santé publique, Public Health England (PHE), avait révélé lundi 1er février avoir observé la mutation E484K sur le variant anglais du coronavirus, le rendant potentiellement plus résistant aux vaccins. Le PHE s’appuyait sur une étude préliminaire de l’université de Cambridge.

Selon le virologue Julian Tang de l’université de Leicester (Royaume-Uni), cette détection de la mutation E484K sur le variant anglais du virus peut aussi être “due à une recombinaison avec l’un des variants sud-africain ou brésilien, qui peuvent avoir co-infecté la même cellule”, “comme nous le voyons avec différents virus de la grippe”. Toutefois, ce scénario “est plus rare avec les coronavirus”, explique le chercheur à Science Media Centre. “Il est donc plus probable que cela soit dû à des sélections et évolutions naturelles parallèles et convergentes au sein de la population humaine, au fur et à mesure que le virus s’adapte à ce nouvel hôte”.

Quelles mesures sanitaires pour limiter la progression des variants ?

Plusieurs mesures sont mises en place pour renforcer le tracing des formes mutées du SARS-CoV-2 :

  • Tout test antigénique ou PCR positif doit désormais “obligatoirement” faire l’objet d’une RT-PCR de criblage de seconde intention, dans un délai de 36 heures au maximum, afin de déterminer s’il s’agit d’une contamination par un variant.
  • Tout test positif donne lieu à un isolement de 10 jours, sans attendre de savoir s’il s’agit d’un variant (pour les cas contact, la période d’isolement est maintenue à 7 jours). Pendant cette période, des visites d’infirmiers libéraux sont proposées à leur domicile.
  • Les opérations de tracing et d’isolement sont déclenchées dès réception du résultat du test de première intention, sans attendre les résultats de la RT-PCR de criblage. La priorité demeure l’isolement sans délai des cas et l’alerte rapide des cas contacts.
  • Si le patient est porteur d’une forme variante, il est demandé à l’ensemble des cas contacts à risque identifiés de prévenir eux-mêmes les personnes avec qui elles ont été en contact à risque afin que ces dernières puissent renforcer l’application des mesures barrières, notamment le port du masque en présence d’autres personnes ; télétravailler dès lors que cela est possible ; réduire volontairement leurs contacts sociaux durant les 7 jours suivants ; réaliser un test sans délai dès les premiers symptômes.
  • Un test de sortie d’isolement doit être systématiquement réalisé pour les personnes porteuses des formes mutées. En cas de test positif, l’isolement est alors renouvelé 7 jours de plus.

Le dispositif permettant d’obtenir un arrêt de travail immédiat sans jour de carence en contactant l’Assurance-maladie, pour les personnes positives, cas contact ou symptomatique est prolongé jusqu’au 1er juin.

Par ailleurs, le protocole est renforcé à l’école. Désormais, une classe est automatiquement fermée si un enfant est contaminé par le Covid ( quel que soit le variant). Les élèves et les professeurs de la classe doivent alors tous être testés.

Les gestes barrières sont plus que jamais indispensables : le port strict du masque, une aération suffisante et la désinfection des mains, sont indispensables pour réduire la transmission des variants. “La distance physique reste pertinente en complément des autres mais, seule, s’avère inefficace dans les lieux clos mal ventilés, du fait de la transmission du virus par aérosols”, souligne le Conseil scientifique dans son avis du 11 mars. “En tout état de cause et tant que le niveau d’immunité collective n’est pas atteint notamment grâce à la vaccination, les mesures barrières en vigueur doivent être maintenues et même renforcées en raison de la haute contagiosité des variants et ce même en cas de Covid avéré antérieurement ou de vaccination complétée. En effet des variants pouvant échapper à l’immunité naturelle ou post-vaccinale pourraient déjà être en circulation sans avoir encore été détectés.”

EN VIDEO : Reportage dans un laboratoire et explication du Dr Caroline Gutsmuth, médecin biologiste

Sources :

  • Ministère de la Santé 
  • Inserm, Un variant du SARS-CoV-2 inquiétant, vraiment ? (janvier 2021)
  • Santé Publique France, bulletin épidémiologique hebdomadaire
  • Conseil scientifique, avis 12 février et note d’éclairage 29 janvier

À lire aussi :

  • La (nouvelle) forme du coronavirus est encore plus contagieuse
  • Covid-19 : on est surtout contagieux les 5 premiers jours
  • Campagne de vaccination : les réponses à vos questions

Source: https://www.topsante.com/feed/list/rss/(limit)/30 – Topsante.com

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