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Variant anglais Covid-19 : que sait-on de la nouvelle mutation E484K ?

4 Fév. 2021

SOMMAIRE :

  • Circulation du variant en France : combien de cas en France ?
  • Variant anglais : quels sont les symptômes ?
  • Mutation Covid-19 : le variant anglais (20I/501Y.V1)
  • Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (20H/501Y.V2)
  • Mutation Covid-19 : le variant brésilien (20J/501Y.V3)

Muter, c’est l’astuce des virus pour garder une longueur d’avance sur nos défenses immunitaires. Concrètement, lorsque nous produisons des anticorps pour nous défendre contre un virus, celui-ci cherche à se modifier pour échapper à la vigilance de nos anticorps et ainsi pour mieux contre-attaquer. En somme, notre propre système immunitaire pousse malgré lui le Covid-19 à s’adapter et à développer de nouvelles variantes pour survivre.

Concrètement, une fois entré dans une cellule, le virus se reproduit, et parfois il y a des erreurs de copies, donnant lieu à des mutations.

Ces mutations peuvent n’avoir “aucune conséquence”, confirme l’Inserm. D’autres en revanche “peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie.” Si les mutations favorisent la circulation du virus (on dit que ces mutations sont sélectionnées positivement), elles entraînent alors l’implantation du nouveau variant, qui peut en quelques mois seulement devenir le variant dominant. En d’autres termes, si la mutation permet au virus de mieux circuler, elle est favorisée et le variant devient dominant. C’est la sélection naturelle.

Alors que trois variants sont aujourd’hui scrutés par les autorités sanitaires, l’agence anglaise de santé publique, Public Health England (PHE), a révélé lundi 1er février avoir observé la mutation E484K sur le variant anglais du coronavirus, le rendant potentiellement plus résistant aux vaccins. Le PHE s’appuie sur une étude préliminaire de l’université de Cambridge. Cette mutation signifie que l’acide aminé “E” qui correspond à l’emplacement “484” du gène, a muté en acide aminé “K”. Elle est par ailleurs aussi présente sur les variants sud-africain et brésilien.

Que sait-on de la mutation E484K ? “C’est une mutation qui concerne la protéine Spike à la surface du virus, qui s’attache aux cellules humaines”, a expliqué à franceinfo le docteur Paul Loubet, infectiologue au CHU de Nîmes. Il confirme que ces mutations sont habituelles et liées à des “phénomènes d’adaptation”.

Selon le virologue Julian Tang de l’université de Leicester (Royaume-Uni), cette détection de la mutation E484K sur le variant anglais du virus peut aussi être “due à une recombinaison avec l’un des variants sud-africain ou brésilien, qui peuvent avoir co-infecté la même cellule”, “comme nous le voyons avec différents virus de la grippe”. Toutefois, ce scénario “est plus rare avec les coronavirus”, explique le chercheur à Science Media Centre. “Il est donc plus probable que cela soit dû à des sélections et évolutions naturelles parallèles et convergentes au sein de la population humaine, au fur et à mesure que le virus s’adapte à ce nouvel hôte”.

La question cruciale est de savoir si oui ou non cette mutation remet en cause l’efficacité des vaccins actuellement utilisés ? Visiblement, la mutation présente sur la protéine Spike, empêcherait à nos anticorps de s’y fixer pour neutraliser le virus et pour l’empêcher d’entrer dans nos cellules. Les chercheurs de l’université de Cambridge ont en effet observé que des niveaux plus élevés d’anticorps étaient nécessaires pour neutraliser le virus. Mais cela ne permet pas de conclure que les vaccins sont moins efficaces. Il est trop tôt pour répondre à cette question.

Circulation du variant en France : combien de cas en France ?

Au 27 janvier 2021, 299 cas d’infection au variant anglais et 40 cas d’infection au variant sud-africain ont été rapportés (chiffres Santé Publique France). Ce recensement n’est que partiel, et les résultats consolidés de l’enquête Flash menée les 7 et 8 janvier sur les tests RT-PCR positifs au SARS-CoV-2 montraient que les cas de COVID-19 liés au variant anglais représentaient 3,3% des cas diagnostiqués par RT-PCR en France. Aucun cas du nouveau variant 20J/501Y.V3 ayant émergé au Brésil n’a été identifié en France.

Dans le détail, le variant anglais a été identifié sur tout le territoire, alors que le sud-africain est pour le moment localisé dans sept régions (Grand Est, Provence-Alpes-Côte d’Azur, Pays de la Loire, Île-de-France, Auvergne-Rhône-Alpes, Occitanie et Nouvelle-Aquitaine, Mayotte et La Réunion).

Cette enquête (Flash) repose sur une approche en deux étapes : un test par RT-PCR ThermoFisher® générant des résultats de RT-PCR dits “discordants” et laissant suspecter un possible variant VOC 202012/01 puis dans un second temps afin de confirmer ces suspicions, un séquençage de ces échantillons avec résultat discordant pour confirmer ou infirmer la présence du variant. 135 laboratoires repartis sur les 12 régions de France métropolitaine ont à ce jour participé à l’étude, représentant 41% des RT-PCR rendues positives au niveau national sur les 2 jours de l’étude.

Une seconde édition de l’enquête Flash, “basée préférentiellement sur un criblage de la mutation 501Y pour les laboratoires qui bénéficient d’une RT-PCR permettant de suspecter un variant 20I/501Y.V1, 20H/501Y.V2 ou 20J/501Y.V3, ou basée sur les discordances par RT-PCR Thermo Fisher Scientific® pour les autres laboratoires, a commencé le 27 janvier et les résultats seront disponibles d’ici 15 jours”, précise Santé Publique France.

Variant anglais : quels sont les symptômes ?

Le variant anglais du coronavirus Sars-Cov-2 n’en finit pas de faire parler de lui. Et pour cause : sa contamination entrainerait des symptômes un peu différents. Selon une enquête publiée ce mercredi 27 janvier par l’Office national des statistiques britanniques, le variant anglais du coronavirus aurait tendance à exacerber les symptômes “traditionnels” du Covid-19.

Ainsi, entre fin novembre 2020 et mi-janvier 2021, les scientifiques britanniques ont comparé les symptômes de 2 groupes de malades du Covid-19 – l’un infecté par la souche d’origine, l’autre par le variant anglais.

Résultat : ils ont noté que 35 % des malades infectés par le variant anglais toussaient contre 28 % des malades infectés par Sars-Cov-2 ; 32 % des infectés par B117 étaient anormalement fatigués contre 29 % des patients atteints par la souche d’origine. Idem pour les maux de gorge (22 % contre 19 %), la fièvre (21 % contre 19 %) et les courbatures (avec, là encore, un écart significatif).

En revanche, la perte du goût (agueusie) et de l’odorat (anosmie) semblaient moins fréquentes avec le variant anglais du coronavirus. “Chez les patients atteints par le variant B117 (anglais), les symptômes classiques et bien connus de l’infection à coronavirus semblent plus souvent présents, à l’exception de l’anosmie et de l’agueusie”, concluent les chercheurs. En revanche, aucune différence au niveau des symptômes gastro-intestinaux n’a été reportée.

Que l’on se rassure : s’il est probablement plus symptomatique, le Covid-19 provoqué par l’infection au variant anglais n’est pas nécessairement plus sévère.

Mutation Covid-19 : le variant anglais (20I/501Y.V1)

Selon les dernières données hebdomadaires de l’OMS (27 janvier), le variant britannique a été détectée dans exactement 70 pays au total. Le variant anglais VOC 202012/01 semble être le principal facteur d’accélération de l’épidémie au Royaume-Uni, en Irlande et peut-être au Danemark. Ce variant est déjà responsable de la majorité des cas de Covid-19 au Royaume-Uni.

En France, selon les dernières données, Santé publique France recensait le 27 janvier, 299 infections par le variant anglais.

Ce qui inquiète les autorités sanitaires, c’est que ce variant, détecté dès septembre au Royaume-Uni, est 50% plus contagieux selon l’European Centre for Disease Control (ECDC). De plus, selon une étude anglaise publiée fin décembre 2020 son taux de réinfection (comprendre : le risque de l’attraper à nouveau après une première infection) serait de 0,7 % contre 0,11 % avec la forme “classique”…

Qui dit plus de cas, dit plus d’hospitalisations. La crainte est donc une saturation des capacités hospitalières, comme celle qui est déjà observée en Angleterre.

Des modélisation présentées dans l’avis du Conseil scientifique du 12 janvier, indiquent, que sous l’hypothèse d’un taux de transmission du VOC entre 40%-70% plus élevé et d’un nombre stable de cas de contaminations (environs 20 000 par jour) dans les semaines qui viennent, on peut s’attendre à ce qu’il y ait “580 à 2 610 cas VOC par jour le 1er février et 2 800 à 26 390 le 1er mars”. Soit 2 à 12% de l’ensemble des cas détectés le 1er février et 12% à 64% le 1er mars.

Le variant anglais est-il plus dangereux ? Jusqu’à présent, les scientifiques étaient plutôt rassurant. Mais selon le Nervtag (groupe scientifique qui conseille le gouvernement anglais), l’analyse de données issues de différents hôpitaux montre que le variant pourrait augmenter de 30 % la pathogénicité, c’est-à-dire, le risque de forme grave et de décès.

“Cette fois, deux données se cumulent : il est plus transmissible mais aussi, comme le suggèrent les scientifiques anglais, plus dangereux. Voilà une double raison de s’inquiéter”, commente au au Parisien, Mylène Ogliastro, vice-présidente de la Société française de virologie et directrice de recherches à Montpellier.

En revanche, bonne nouvelle, le vaccin développé par Pfizer, ainsi que celui de Moderna, seraient efficace contre ce variant. “Les sérums post-vaccinaux avec les vaccins Pfizer et Moderna n’ont subi aucun changement significatif par rapport à la variante”, souligne l’OMS.

Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (20H/501Y.V2)

Officiellement, 40 cas du variant sud-africain 501Y.V2, détecté en décembre en Afrique du Sud le 18 décembre, ont été confirmés en France.

En Afrique du Sud, où il circule en fait depuis novembre, ce variant est responsable de la majorité des cas dans le pays. Dans le monde, au 25 janvier 2021, le variant 20H/501Y.V2 a été rapporté dans 31 pays selon l’OMS.

Plusieurs inconnues demeurent. Le variant “sud-africain” dénommé 501Y.V2 du fait d’une mutation N501Y sur la protéine S a émergé en Octobre en Afrique du Sud. Bien que cette mutation H501Y est aussi retrouvée sur le variant anglais, il s’agit de virus différents : “le virus 501Y.V2 possède une mutation additionnelle sur la protéine S (E484K) qui pourrait entrainer un échappement à la réponse immunitaire naturelle ou post-vaccinale”, souligne le Conseil scientifique dans son dernier avis, remis au gouvernement le 12 janvier. En outre, “ce virus mutant pourrait être retrouvé plus fréquemment chez les immunodéprimés”.

“Des travaux préliminaires suggèrent la possibilité d’une transmissibilité plus élevée, mais aucun élément n’indique à ce jour qu’il serait à l’origine de formes plus sévères chez les personnes infectées”, précise par ailleurs Santé Publique France.

Bonne nouvelle toutefois ce 25 janvier, les laboratoires Moderna annoncent le vaccin “conserve une activité neutralisante contre les variants émergents identifiés pour la première fois au Royaume-Uni et en République d’Afrique du Sud.”

Mutation Covid-19 : le variant brésilien (20J/501Y.V3)

Le variant brésilien est désormais présent dans huit pays et territoires, soit dans six pays de plus qu’au 19 janvier, détaille l’OMS dans sa revue épidémiologique hebdomadaire du 27 janvier.

Au Brésil, le nombre de nouveaux cas hebdomadaires a fortement augmenté ces dernières semaines, de même que les décès. Des enquêtes préliminaires menées à Manaus, capitale de l’État brésilien d’Amazonas, ont montré “une hausse de la proportion de cas séquencés du variant”.

Le 12 janvier 2021, une étude décrit l’émergence du variant 20J/501Y.V3 dans la région de Manaus (Brésil), où il était alors présent dans 42% des PCR positives. Ce variant aurait émergé fin juillet 2020 et a été détecté pour la première fois à Rio de Janeiro fin octobre 2020. Les études préliminaires menées à Manaus ont signalé une augmentation de la proportion des cas identifiés de 52,2% en décembre 2020 à 85,4% en janvier 2021. “Cette hausse, ainsi que les mutations identifiées sur ce variant, soulèvent des préoccupations quant à la potentielle augmentation de la transmissibilité ou de la propension à la réinfection”, souligne Santé Publique France.

EN VIDEO : Reportage dans un laboratoire et explication du Dr Caroline Gutsmuth, médecin biologiste

Sources :

  • Ministère de la Santé 
  • Inserm, Un variant du SARS-CoV-2 inquiétant, vraiment ? (janvier 2021)

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Source: https://www.topsante.com/feed/list/rss/(limit)/30 – Topsante.com

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