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Variant anglais Covid-19 : plus transmissible et plus dangereux ?

25 Jan. 2021

Muter, c’est l’astuce des virus pour garder une longueur d’avance sur nos défenses immunitaires. Concrètement, lorsque nous produisons des anticorps pour nous défendre contre un virus, celui-ci cherche à se modifier pour échapper à la vigilance de nos anticorps et ainsi pour mieux contre-attaquer. En somme, notre propre système immunitaire pousse malgré lui le Covid-19 à s’adapter et à développer de nouvelles variantes pour survivre.

Ces mutations peuvent n’avoir “aucune conséquence”, confirme l’Inserm. D’autres en revanche “peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie.” Si les mutations favorisent la circulation du virus (on dit que ces mutations sont sélectionnées positivement), elles entraînent alors l’implantation du nouveau variant, qui peut en quelques mois seulement devenir le variant dominant.

Mais les scientifiques sont inquiets : “Les mutants et variants britannique, sud-africain, brésilien et maintenant californien changent complètement la donne depuis trois semaines”, affirme le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy, invité sur BFM dimanche soir. “Ils ont un facteur de transmission plus élevé, qui accélère la circulation du virus.”

Trois variants du Covid-19 sont scrutés par les autorités sanitaires.

  • Le variant sud-africain 501.V2
  • Le variant britannique VOC 202012/01
  • Le variant japonais

SOMMAIRE :

  • Mutation Covid-19 : le variant anglais (VOC 202012/01)
  • Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (501.V2)
  • Mutation Covid-19 : le variant brésilien
  • Circulation du variant en France : combien de cas en France ?

Comment la France traque les variants ? Depuis la détection du variant anglais chez un premier patient à Tours fin décembre, la procédure est la même. Concrètement, les laboratoires adressent au CNR pour séquençage tout résultat de test PCR positif pour une personne revenant du Royaume-Uni ou ayant été en contact rapproché avec une personne revenant du Royaume-Uni ou tout résultat de test PCR pouvant évoquer le virus variant. La même procédure a été mise en place pour les personnes au retour d’Afrique du Sud, où un autre variant du SARS-CoV-2 circule actuellement de façon active.

Les autorités exigent depuis le 24 janvier un test PCR négatif réalisé 72 heures avant le départ pour les voyageurs européens souhaitant entrer sur son territoire. Une mesure qui s’appliquait déjà aux voyageurs hors zone européenne depuis le 14 janvier.

Mutation Covid-19 : le variant anglais (VOC 202012/01)

Selon les dernières données, Santé publique France recensait le 20 janvier, 131 infections par le variant anglais.

Ces deniers jours, à Toulouse, le variant anglais a contaminé trois membres du personnel et huit pensionnaires d’un Ehpad. En Haute-Savoie, dans la station de Vallorcine, où quatorze jeunes anglais ont été contaminés, les tests sont toujours en cours pour savoir s’il s’agit aussi du virus muté. Enfin,plusieurs cas ont été détectés au sein de l’école HEC, entraînant ce week-end une campagne massive de dépistage sur le campus de Jouy-enJosas (Yvelines).

Des cas ont par ailleurs été détectés en Europe de l’Ouest, en Russie, en Inde, en Chine, en Australie, aux Etat-Unis et au Mexique. Le variant anglais VOC 202012/01 semble être le principal facteur d’accélération de l’épidémie au Royaume-Uni, en Irlande et peut-être au Danemark.

En France, il est probable que la diffusion de ces variants sur le territoire national soit actuellement sous-estimée. Selon Jean-François Delfraissy, le variant anglais est à un niveau de 7 à 9 % dans certaines régions, comme la région parisienne“.

Une “enquête flash” a été menée sur deux jours (les 7 et 8 janvier) pour estimer la circulation du variant anglais sur le territoire. Objectif : séquencer le génome des résultats de tests PCR “douteux” afin d’identifier la présence de la mutation. Résultat : le variant représente actuellement 1 à 2% des tests positifs en France.

Une deuxième enquête flash sera menée les 26 et 27 janvier. De plus, la Direction générale de la santé (DGS) a envoyé samedi un “urgent” aux professionnels pour les informer du déploiement de kits PCR spécifiques qui permettront de “suspecter” le mutant et de déclencher ainsi, sans attendre le séquençage, un contact-tracing renforcé, informe Le Parisien ce 25 janvier.

Car ce qui inquiète les autorités sanitaires, c’est que ce variant, détecté dès septembre au Royaume-Uni, est 40 à 70% plus contagieux. Qui dit plus de cas, dit plus d’hospitalisations. La crainte est donc une saturation des capacités hospitalières, comme celle qui est déjà observée en Angleterre.

Des modélisation présentées dans l’avis du Conseil scientifique du 12 janvier, indiquent, que sous l’hypothèse d’un taux de transmission du VOC entre 40%-70% plus élevé et d’un nombre stable de cas de contaminations (environs 20 000 par jour) dans les semaines qui viennent, on peut s’attendre à ce qu’il y ait “580 à 2 610 cas VOC par jour le 1er février et 2 800 à 26 390 le 1er mars”. Soit 2 à 12% de l’ensemble des cas détectés le 1er février et 12% à 64% le 1er mars.

Le variant anglais est-il plus dangereux ? Jusqu’à présent, les scientifiques étaient plutôt rassurant. Mais selon le Nervtag (groupe scientifique qui conseille le gouvernement anglais), l’analyse de données issues de différents hôpitaux montre que le variant pourrait augmenter de 30 % la pathogénicité, c’est-à-dire, le risque de forme grave et de décès.

“Cette fois, deux données se cumulent : il est plus transmissible mais aussi, comme le suggèrent les scientifiques anglais, plus dangereux. Voilà une double raison de s’inquiéter”, commente au au Parisien, Mylène Ogliastro, vice-présidente de la Société française de virologie et directrice de recherches à Montpellier.

En revanche, bonne nouvelle, le vaccin développé par Pfizer, ainsi que celui de Moderna, seraient efficace contre ce variant.

Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (501.V2)

Officiellement, 4 cas du variant sud-africain 501Y.V2, détecté en décembre en Afrique du Sud, ont été confirmés en France.

Au total, une quinzaine de pays ont également confirmé sa présence : Royaume-Uni, Israël, Danemark ou encore au Canada.

Plusieurs inconnues demeurent. Le variant “sud-africain” dénommé 501Y.V2 du fait d’une mutation N501Y sur la protéine S a émergé en Octobre en Afrique du Sud. Bien que cette mutation H501Y est aussi retrouvée sur le variant anglais VOC, il s’agit de virus différents : “le virus 501Y.V2 possède une mutation additionnelle sur la protéine S (E484K) qui pourrait entrainer un échappement à la réponse immunitaire naturelle ou post-vaccinale”, souligne le Conseil scientifique dans son dernier avis, remis au gouvernement le 12 janvier. En outre, “ce virus mutant pourrait être retrouvé plus fréquemment chez les immunodéprimés”.

Bonne nouvelle toutefois ce 25 janvier, les laboratoires Moderna annoncent le vaccin “conserve une activité neutralisante contre les variants émergents identifiés pour la première fois au Royaume-Uni et en République d’Afrique du Sud.”

Mutation Covid-19 : le variant brésilien

Ce variant a été identifié au Japon sur quatre personnes revenant du Brésil, au moment même où le pays connait une troisième vague. Les variants anglais et sud-africains, ont également détectés dans ce pays.

Pour l’instant, le Japon ne sait pas si ce variant est plus contagieux ou plus dangereux. L’Institut national japonais des maladies infectieuses a précisé qu’il présentait des similitudes avec ceux identifiés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud.

Circulation du variant en France : combien de cas en France ?

Au 20 janvier, 131 cas de contamination par le variant anglais “VOC 202012/01” et 4 cas de contamination par le variante sud-africain “501.V2” ont été confirmés par le Centre national de référence (CNR) des infections respiratoires.

Dès l’apparition des variants VOC 202012/01 détecté au Royaume-Uni et 501Y.V2 détecté en Afrique du Sud, une surveillance renforcée a été mise en place. Il s’agit d’évaluer et de suivre la diffusion sur le territoire national de ces variants.

En parallèle, afin d’établir une première cartographie du degré de diffusion du variant VOC 202012/01 en France, une enquête Flash a été proposée à tous les laboratoires de biologie médicale publics et privés en lien avec le CNR Virus des infections respiratoires (Laboratoire associé de Lyon, Pr Bruno LINA). Cette étude a été conduite les 7 et 8 janvier 2021. Elle repose sur une approche en deux étapes : un test par RT-PCR ThermoFisher® générant des résultats de RT-PCR dits “discordants” et laissant suspecter un possible variant VOC 202012/01 puis dans un second temps afin de confirmer ces suspicions, un séquençage de ces échantillons avec résultat discordant pour confirmer ou infirmer la présence du variant.

89 laboratoires repartis sur les 13 régions de France métropolitaine ont à ce jour participé à l’étude, représentant 25% des RT-PCR rendues positives au niveau national sur les 2 jours de l’étude. L’analyse portait ainsi sur 97 664 prélèvements RT-PCR, dont 7 465 prélèvements avec un résultat RT-PCR positif, dont 281 prélèvements discordants. Les premiers résultats publiés donnent des premières estimations de la circulation du variant :

  • La proportion de résultats de RT-PCR discordants, rapportée au total des RT-PCR positives, est de 3,8%. Par ailleurs et d’après les données de surveillance du CNR, on estime que 38% des résultats discordants sont des variants confirmés par séquençage. Sur la base de ces données, il est ainsi possible d’estimer, dans l’attente des résultats de confirmation par séquençage, que ce variant serait responsable de 1 à 2% des cas de COVID-19 actuellement diagnostiqués en France
  • La proportion de résultats de RT-PCR discordants varie par ailleurs d’une région à l’autre, suggérant une présence hétérogène du variant VOC 202012/01 sur le territoire. Ces comparaisons géographiques doivent toutefois rester prudente en raison d’une faible participation à l’enquête dans certaines régions.

Cette enquête sera répétée à intervalles réguliers : la prochaine est prévue les 26 et 27 janvier.

EN VIDEO : Reportage dans un laboratoire et explication du Dr Caroline Gutsmuth, médecin biologiste

Sources :

  • Ministère de la Santé 
  • Inserm, Un variant du SARS-CoV-2 inquiétant, vraiment ? (janvier 2021)

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Source: https://www.topsante.com/feed/list/rss/(limit)/30 – Topsante.com

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