Mutation Covid-19 : le variant sud-africain serait moins sensible au vaccin, selon le Conseil scientifique

Muter, c'est l'astuce des virus pour garder une longueur d’avance sur nos défenses immunitaires. Concrètement, lorsque nous produisons des anticorps pour nous défendre contre un virus, celui-ci cherche à se modifier pour échapper à la vigilance de nos anticorps et ainsi pour mieux contre-attaquer. En somme, notre propre système immunitaire pousse malgré lui le Covid-19 à s'adapter et à développer de nouvelles variantes pour survivre.

Trois variants du Covid-19 sont scrutés par les autorités sanitaires.

• Le variant sud-africain 501.V2
• Le variant britannique VOC 202012/01
• Le variant japonais

Au 14 janvier, 87 cas de contamination par le variant anglais "VOC 202012/01" et 4 cas de contamination par le variante sud-africain "501.V2" ont été confirmés par le Centre national de référence (CNR) des infections respiratoires, informe un communiqué de la Direction générale de la Santé. Par ailleurs, "des investigations sont en cours autour de deux cas d’infection avérés par la variante 501.V2 en Ile-de-France et Pays-de-la-Loire."

La DGS annonce que les autorités sanitaires "renforcent la vigilance pour identifier le plus précocement possible chaque patient contaminé et mettre en place les mesures de protection et de freinage adaptées pour limiter au maximum la propagation de ces variantes virales, plus transmissibles."

Concrètement, les laboratoires adressent au CNR pour séquençage tout résultat de test PCR positif pour une personne revenant du Royaume-Uni ou ayant été en contact rapproché avec une personne revenant du Royaume-Uni ou tout résultat de test PCR pouvant évoquer le virus variant. La même procédure a été mise en place pour les personnes au retour d’Afrique du Sud, où un autre variant du SARS-CoV-2 circule actuellement de façon active.

Jeudi soir, Jean Castex a par ailleurs annoncé des mesures pour limiter l’introduction de nouvelles variantes sur le territoire national. Un test sensible et récent avec résultat négatif est obligatoire pour toute personne à destination de notre pays au départ de la Grande Bretagne. Pour l’Afrique du Sud, la présentation d’un test négatif datant de moins de 72h est également obligatoire au départ à destination de la France.

• Mutation Covid-19 : le variant anglais (VOC 202012/01)
• Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (501.V2)
• Mutation Covid-19 : le variant brésilien

Mutation Covid-19 : le variant anglais (VOC 202012/01)

Officiellement, près de 90 cas du variant anglais ont été identifiés en France. Une campagne de dépistage a été organisée entre le 9 et le 12 janvier par l’Agence régionale de santé d’Île-de-France à Bagneux, après qu’une éducatrice, sans lien avec la Grande-Bretagne, a été déclarée positive à la souche anglaise. Des cas ont également été détectés à Marseille.

Des cas ont par ailleurs été détectés en Europe de l'Ouest, en Russie, en Inde, en Chine, en Australie, aux Etat-Unis et au Mexique. Le variant anglais VOC 202012/01 semble être le principal facteur d’accélération de l’épidémie au Royaume-Uni, en Irlande et peut-être au Danemark.

En France, il est probable que la diffusion de ces variants sur le territoire national soit actuellement sous-estimée. Une "enquête flash" a d'ailleurs été menée sur deux jours (les 7 et 8 janvier) pour estimer la circulation du variant anglais sur le territoire. L'objectif est de séquencer le génome des résultats de tests PCR "douteux" afin d'identifier la présence de la mutation. Résultat : le variant représente actuellement 1 à 2% des tests positifs en France.

Mais, ce qui inquiète les autorités sanitaires, c'est que ce variant, détecté dès septembre au Royaume-Uni, est 40 à 70% plus contagieux. Qui dit plus de cas, dit plus d'hospitalisations. La crainte est donc une saturation des capacités hospitalières, comme celle qui est déjà observée en Angleterre.

Des modélisation présentées dans l'avis du Conseil scientifique du 12 janvier, indiquent, que sous l’hypothèse d'un taux de transmission du VOC entre 40%-70% plus élevé et d'un nombre stable de cas de contaminations (environs 20 000 par jour) dans les semaines qui viennent, on peut s’attendre à ce qu’il y ait "580 à 2 610 cas VOC par jour le 1er février et 2 800 à 26 390 le 1er mars". Soit 2 à 12% de l’ensemble des cas détectés le 1er février et 12% à 64% le 1er mars.

En revanche, bonne nouvelle, il ne serait pas plus pathogène. Le vaccin développé par Pfizer, ainsi que celui de Moderna, seraient également efficace contre ce variant.

Rappelons que c'est le 19 décembre que l'inquiétude a commencé à monter en Grande-Bretagne : le conseiller scientifique du gouvernement, Patrick Vallance, avait expliqué que cette "nouvelle forme" du virus Sars-Cov-2 "contient 23 mutations, un nombre inhabituellement grand". Les experts britanniques estiment désormais que ce "nouveau" coronavirus a favorisé la transmission "exponentielle du virus dans le sud-est de l'Angleterre", en particulier à Londres et dans le comté du Kent. Ainsi, cette nouvelle souche serait à l'origine de 62 % des contaminations enregistrées à Londres, de 43 % dans le sud-est de l'Angleterre et de 59 % dans l'est d'après l'agence Public Health England (PHE) rattachée au ministère de la Santé.

Mutation Covid-19 : le variant sud-africain (501.V2)

Officiellement, 4 cas du variant sud-africain 501Y.V2, détecté en décembre en Afrique du Sud, ont été confirmés en France.

Au total, une quinzaine de pays ont également confirmé sa présence : Royaume-Uni, Israël, Danemark ou encore au Canada.

En France, des investigations sont en cours autour de deux cas d’infection avérés par la variante 501.V2 en Ile-de-France et Pays-de-la-Loire.

• Ile-de-France : un cas de Covid-19 de variant sud-africain a été confirmé après séquençage par le Centre national de référence (CNR) chez une personne revenant d’un voyage au Mozambique et résidant dans le département du Val-de-Marne. Cette personne est actuellement hospitalisée. Selon le ministère de la Santé, "des personnes contacts à risque pourraient vivre dans d’autres départements d’Ile-de-France, ainsi que dans d’autres régions." Une enquête épidémiologique de grande ampleur va être menée avec des opérations de dépistage, comme cela a été à Bagneux.
• Pays-de-la-Loire (région de Nantes) : un cas a également été confirmé, vraisemblablement après avoir contracté le virus lors d’un voyage au Mozambique pendant les fêtes de fin d’année. "Des cas secondaires, au sein du foyer familial, dans la région de Nantes, ont été identifiés dans le cadre du contact tracing réalisé par l’ARS des Pays-de-la-Loire et ont reçu des consignes d’isolement. Les investigations se poursuivent pour s’assurer de la maîtrise de la chaîne de transmission", précise le ministère de la Santé. Ce cas est probablement à relier aux autres cas identifiés en Ile-de-France.

En conséquence, toute personne revenant d’un voyage à l’étranger et présentant des symptômes doit se faire dépister immédiatement par un test PCR en laboratoire. Les autorités rappellent également l’importance du respect immédiat de l’isolement par toute personne présentant des symptômes évocateurs, par tout cas confirmé de Covid19 et par toute personne contact d’un cas confirmé.

Plusieurs inconnues demeurent. Le variant "sud-africain" dénommé 501Y.V2 du fait d’une mutation N501Y sur la protéine S a émergé en Octobre en Afrique du Sud. Bien que cette mutation H501Y est aussi retrouvée sur le variant anglais VOC, il s’agit de virus différents : "le virus 501Y.V2 possède une mutation additionnelle sur la protéine S (E484K) qui pourrait entrainer un échappement à la réponse immunitaire naturelle ou post-vaccinale", souligne le Conseil scientifique dans son dernier avis, remis au gouvernement le 12 janvier. En outre, "ce virus mutant pourrait être retrouvé plus fréquemment chez les immunodéprimés".

Au total, "plusieurs inconnues demeurent sur ce variant sud-africain également plus transmissible et peut être moins sensible à la protection vaccinale", s'inquiète le Conseil Scientifique.

Mutation Covid-19 : le variant brésilien

Ce variant a été identifié au Japon sur quatre personnes revenant du Brésil, au moment même où le pays connait une troisième vague. Les variants anglais et sud-africains, ont également détectés dans ce pays.

Pour l’instant, le Japon ne sait pas si ce variant est plus contagieux ou plus dangereux. L’Institut national japonais des maladies infectieuses a précisé qu’il présentait des similitudes avec ceux identifiés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud.

À lire aussi :

• La (nouvelle) forme du coronavirus est encore plus contagieuse
• Covid-19 : on est surtout contagieux les 5 premiers jours
• Campagne de vaccination : les réponses à vos questions